"En särskild utredare ska utses för att granska den beslagtagna egendomen, hantera påståenden om förmåner, ge rekommendationer om dessa och utvärdera anspråk på återlämnande av egendom", skriver domare Aileen Cannon i domen.
Domen är ett bakslag för åklagarsidan som har motsatt sig Trumps begäran, och hävdat att den kan skada den nationella säkerheten. Dessutom stoppas åklagarna tillfälligt från att granska materialet som beslagtogs i Mar-a-Lago.
Båda sidorna har till på fredag på sig att göra en lista över de personer som kan vara kandidater till att bli den oberoende utredaren.
Vid razzian i expresidentens bostad i Mar-a-Lago tog FBI med sig 33 lådor med material. De innehöll mer än 100 hemligstämplade dokument. Bland annat fanns sådana på Trumps kontor.
Av den offentliggjorda ordern om husrannsakan framgår att FBI utreder möjliga brott mot tre federala lagar, varav det allvarligaste faller inom spionerilagen. Misstankarna gäller inte direkt spioneri, utan insamlande, spridande eller förlust av hemligstämplat material.