Slopandet kommer drygt tre år efter att nödlägena utlystes och innebär att coronaviruset nu ses som ett hot som kan hanteras genom myndigheternas ordinarie befogenheter.
Det formella slopandet av det nationella nödläget har debatterats i den amerikanska kongressen, där Republikanerna har drivit på för att det ske tidigare.
Enligt Vita huset skulle det få för stora konsekvenser för det amerikanska sjukvårdssystemet om det skyndades igenom.
"Sjukhus och vårdhem som har förlitat sig på flexibilitet som möjliggörs av nödförklaringarna kommer att kastas in i kaos utan tillräcklig tid för att omskola personalen och etablera nya faktureringsprocesser", skriver presidentadministrationen i ett uttalande.
I praktiken har flera delar av nödläget och det federala stödet redan slopats.