De döda djuren har hittats efter Atlantkusten och på floden Rio de la Platas stränder. Omkring 350 kadaver har begravts, för att hindra att viruset sprids vidare.
– Det här är en pågående situation som har sitt ursprung i fågelinfluensa, säger Carmen Leizagoyen, chef för djurartsavdelningen på Uruguays miljödepartement.
– Sjukdomen kan inte kontrolleras. Vi måste vänta tills djuren blir immuna men vi vet inte hur lång tid det tar.
Det aktuella viruset uppges vara av typen H5. Det är ovanligt att sådan smitta sprids till människor men Leizagoyen uppmanar ändå sina landsmän att hålla sig ifrån sälar och sjölejon.
Uruguay beräknas ha uppemot 315 000 sälar och sjölejon.
Tidigare i år dog 55 000 vilda fåglar och 585 sjölejon i fågelinfluensa av typen H5M1 i Peru. I somras varnade Världshälsoorganisationen (WHO) för att fågelvirus som sprids till däggdjur utgör ett utökat hot mot människor.