Den ukrainska säkerhetstjänsten SBU anklagar metropolit Pavel för att stödja den ryska invasionen, vilket han nekar till.
SBU lade fram sina anklagelser under en domstolsförhandling på lördagen, en förhandling som avbröts när Pavel sade att han var sjuk. Fallet ska åter upp i domstol på måndag.
– Jag har aldrig varit på angriparnas sida. Det här är mitt land, sade han till journalister utanför domstolen på lördagen.
SBU gjorde en husrannsakan hos Pavel inne i klostret Petjerska i Kiev medan ett 50-tal av hans följare demonstrerade utanför.
Lördagens händelser kommer efter en vecka då myndigheterna har försökt tvinga honom och de munkar som bor i Petjerska att lämna det historiskt viktiga östortodoxa klostret.
Munkarna hade till på onsdag på sig, men vägrade lämna klostret och med hänvisning till att avhysningen saknar laglig grund. Ukrainas regering anser att klostret fortfarande har kopplingar till Moskva, men en avhysning har ännu inte verkställts.
Munkarna tillhör Ukrainas ortodoxa samfund, som tidigare sorterade under den ryska ortodoxa kyrkan. Ukrainas ortodoxa kyrka bröt dock med Moskva och patriarken Kirill när det ryska anfallskriget inleddes mot Ukraina för att patriarken Kirill aktivt stödjer den ryska invasionen.
Det så kallade grottklostret, även benämnt Lavra, grundades 1015. Klostret har stor historisk betydelse för den östortodoxa kristendomen och anses mycket viktig i både Ukraina och Ryssland. Omkring 200 munkar och 300 elever bor i klostret.