Många av de som tvångsförflyttats hade flytt från Mariupolområdet, enligt organisationen. De ska ha blivit tillsagda av de ryska styrkor som organiserade evakueringar från den belägrade staden att de "kunde glömma" att i stället få förflyttas till andra delar av Ukraina.
Även från Charkiv ska många ukrainare ha tvingats till Ryssland.
"Självklart skulle vi ha valt att ta oss till Ukraina om vi kunde. Men vi hade inget val, ingen möjlighet att åka dit", säger en kvinna från Mariupol i HRW:s rapport.
Kränkande kroppsvisitationer
De ryska tvångsförflyttningarna utgör en krigsförbrytelse och ett möjligt brott mot mänskligheten, skriver HRW.
Det är oklart hur många ukrainska civila som förflyttats till Ryssland, enligt människorättsorganisationen. I augusti rapporterade ryska medier att fler än 3,4 miljoner ukrainare hade rest in i Ryssland från Ukraina, däribland över en halv miljon barn.
Tusentals Mariupolbor tvingades genomgå en så kallad "filtreringsprocess" när de försökte fly staden, skriver HRW i rapporten. Ryska tjänstemän samlade in flyktingarnas biometriska uppgifter, däribland fingeravtryck och foton på ansikte och profil. De tvingades också genomgå kränkande kroppsvisiteringar, frågades ut om politiska åsikter och fick sina telefoner och personliga tillhörigheter genomsökta.
"Kände oss som fångar"
En man från Mariupol som intervjuats av HRW berättar att han och flera andra fick bo i en skola med undermåliga sanitära förhållanden i två veckor innan de fördes till filtreringsprocessen. "Vi kände oss som fångar", säger han i rapporten.
"Lotsandet av människor längre in i ryskockuperade områden och vidare till Ryssland utan samtycke måste upphöra omedelbart", skriver HRW:s Belkis Wille.