I ett tidigt skede är det inte fastställt hur många som är drabbade. Minst tre personer har omkommit, rapporterar tyska medier med hänvisning till myndigheter.
Skadade människor förs i strid ström till ambulanser och helikoptrar för vård. 60 personer har skadats, 16 av dem allvarligt, rapporterar lokaltidningen GAP-Tagblatt. Många av passagerarna ombord uppges ha varit skolelever.
Flera av tågets tvåvåningsvagnar har vält på sidan av spåret och en stor räddningsinsats pågår på platsen, med åtskilliga brandbilar och ambulanser. Räddningsarbetare klättrar in i tåget med hjälp av stegar för att undsätta personer som befinner sig därinne.
Tåget var på väg norrut mot orten Oberau när olyckan inträffade vid klockan tjugo över 12.
Helikoptrar har kommit dit också från Österrike.
Garmisch-Partenkirchen ligger söder om München i Bayern, intill den österrikiska gränsen. I slutet av juni ska stormaktsklubben G7 hålla toppmöte i staden.