Domstolen bedömer att frihetsberövandet 2017 var olagligt och att inget tyder på att något brott hade begåtts.
Kilic har anklagats för kopplingar till den USA-baserade predikanten Fethullah Gülen, som Turkiets president Recep Tayyip Erdogan anklagar för att ha legat bakom kuppförsöket 2016.
Kilic släpptes mot borgen i augusti 2018. Men 2020 dömdes han till över sex års fängelse för terrorbrott. Kilic, som för närvarande inte sitter frihetsberövad, har överklagat domen.
Enligt Europadomstolen bröt gripandet av Kilic mot den europeiska konventionen om mänskliga rättigheter på fyra punkter.