Den 81-årige Ghannouchi som leder det islamistiska partiet Ennahda, greps i måndags. Han hade då varnat för att maktens försök att stoppa olika åsiktsyttringar, både från vänsterhåll och från politisk islamism, riskerar att leda till "inbördeskrig".
Utspelet var indirekt riktat mot Tunisiens ledare Kaïs Saïed vars styre blir allt mer auktoritärt. Parlamentets tidigare talman Ghannouchi misstänktes av myndigheter för "komprometterande hot mot statens säkerhet", enligt en talesperson för oppositionen.
Oppositionsalliansen, där Ennahda ingår, fördömde på torsdagen gripandet och krävde Ghannouchis omedelbara frigivning, samtidigt som man påpekade att Ghannouchi inte förespråkade ett inbördeskrig, utan kommenterade det försämrade politiska läget i landet.
Tunisiens president Kaïs Saïed stängde parlamentet genom dekret sommaren 2021. Det moderata islamistiska partiet Ennahda hade då flest platser i parlamentet.
Sedan i februari i år har ett tjugotal oppositionella och regimkritiker frihetsberövats i Tunisien.