Det var personalen i matbutiker i städerna Jicin och Rychnov nad Kneznou som slog larm efter att ha hittat kokainpaket i sina bananleveranser.
Lådorna har skickats från Colombia, rapporterar tjeckisk tv. Flera platser har undersökts av polisen i jakt på mer insmugglat kokain.
Narkotikan har ett gatuvärde på 3 000 koruna, motsvarande 1 290 kronor, per gram, vilket ger ett totalt värde på två miljarder koruna, motsvarande 854 miljoner kronor, enligt ett uttalande från polisen.
Den tjeckiska polisen kommer att söka internationell hjälp i den fortsatta utredningen.