"Honduras valde att ignorera mer än 80 års vänskap när de skickade sin utrikesminister till Kina, vilket allvarligt har skadat regeringens och folkets känslor", säger Taiwans utrikesdepartement i ett uttalande.
"Vi har beslutat att omedelbart kalla hem vår ambassadör för att uttrycka vårt starka ogillande."
Kina accepterar inte att länder har relationer med både Peking och det taiwanesiska styret i Taipei. Honduras har fram till nu varit ett av bara 14 länder i världen som har diplomatiska förbindelser med Taiwan.