I ett uttalande säger departementet att ytterligare 20 överlevare vårdas på sjukhus.
Enligt det syriska transportdepartementet berättar överlevare att båten lämnade Libanon för några dagar sedan.
I det här skedet finns det inga uppgifter om vad som orsakade olyckan.
I fjol noterades en ökning av människor som försökte lämna Libanon för Europa i överfulla båtar. Många av dem som försöker ta sig från Libanon är syrier, men den växande ekonomiska krisen i landet gör att allt fler libaneser också försöker lämna landet.