Enligt Syriens försvarsdepartement sköts flera av de israeliska robotarna ned. Storbritannienbaserade människorättsobservatoriet SOHR uppger att fyra "pro-iranska krigare", däribland en syrier, dödades.
Det är tredje gången på en knapp vecka som en liknande attack genomförs. Även i fredags och i måndags besköts Damaskus förorter av vad som uppges vara israeliska robotar. Måndagens attack genomfördes under dagtid och skadade en syrisk soldat, enligt landets armé.
Fredagens flyganfall utgjorde den första liknande attacken sedan den 17 september, då fem soldater dödades när Damaskus flygplats och närliggande militärposteringar besköts av israelisk eld.
Israel, som de senaste åren uppges ha genomfört hundratals attacker mot de regimkontrollerade delarna av Syrien, medger eller kommenterar sällan anfallen. Landet har dock bekräftat att man regelbundet riktar attacker mot Iranstödda milisgrupper, såsom shiamuslimska Hizbollah som skickat tusentals soldater för att stöda Syriens president Bashar al-Assads styrkor.
Västerländska underrättelsekällor beskriver de israeliska attackerna som en del av ett skuggkrig mellan Israel och Iran, där Israels syfte är att minska Irans inflytande.