Justitieministern Han Dong-Hoon sade till flera medier efter ett kabinettsmöte att Lee var en av 1 300 personer som benådats av presidenten utifrån en önskan om "bred nationell enighet genom försoning, tolerans och hänsyn".
Den 81-årige Lee Myung-Bak beviljades i juni en tillfällig frigivning från fängelset på grund av sin höga ålder och sviktande hälsa.
Lee var president i Sydkorea 2008–2013. Han är den fjärde tidigare sydkoreanske presidenten som dömts till fängelse.
Lee Myung-Baks efterträdare på presidentposten, Park Geun-Hye, tillträdde 2013 men tvingades avgå knappt fyra år senare efter en korruptionsskandal.
Hon benådades av presidenten julen 2021 efter att ha avtjänat fem år av de 20 år i fängelse hon dömdes till för mutbrott och maktmissbruk.