Säkerhetsstyrkor sköt tårgas för att skingra demonstranterna, som viftade med flaggor, slog på trummor och skanderade slagord. En AFP-journalist såg skadade personer som bars bort av demonstranter.
Läkarkommittén, en del av den prodemokratiska rörelsen, rapporterade att säkerhetsstyrkor sköt tårgas in på sjukhus och attackerade såväl läkare som sårade.
Poliser hade tidigare spärrat av broar som förbinder huvudstaden med dess förorter, kapat telefonlinjer och begränsat internetåtkomsten inför de planerade protesterna.
Minst 48 människor har dödats i sammandrabbningar mellan säkerhetsstyrkor och demonstranter under protesterna som pågått sedan militärkuppen i oktober, enligt Läkarkommittén. Khartums delstatsguvernör har varnat för att säkerhetsstyrkorna "kommer att ta itu med dem som bryter mot lagen och skapar kaos".