En sudanesisk hjälporganisation uppger att attacken träffade en marknad i staden.
Även på lördagen attackerades Khartum, då minst 15 civila dog i ett artillerianfall som träffade ett bostadsområde.
Det står inte helt klart vilken falang som stod bakom attackerna. Sudan är sönderrivet av strider mellan armén och den paramilitära styrkan Rapid Support Force (RSF) som tidigare delade på makten i landet.
Sedan april har de två styrkorna slagits om makten där Khartum och regionen Darfur är de främsta krigsskådeplatserna. I slutet av oktober meddelade parterna att de hade återupptagit fredsförhandlingar i Saudiarabien.
Över 10 000 personer har dödats i samband med striderna och enligt FN har över 6 miljoner människor tvingats fly.