Och problemen tros fortsätta hela kvällen.
De fel som orsakat strulet ska vara åtgärdade, uppger den brittiska flygledningscentralen (Nats) på sin hemsida. Alla stora brittiska flygplatser rapporterar dock att problemen kommer att märkas av under kvällen, med ytterligare förseningar.
Enligt Swedavias hemsida har sex avgångar från Arlanda till Londonflygplatserna Heathrow och Gatwick ställts in, och en avgång till Manchester. Tre avgångar rån Landvetter till London har också ställts in.
Under eftermiddagen förekom uppgifter om att hela det brittiska luftrummet skulle vara stängt, vilket inte var fallet, meddelade Nats.
Problemen kom olyckligt, då måndagen är helgdag och stor resdag i Storbritannien.