Beskedet kommer några veckor efter att Johnson kritiserades i en rapport för att en festkultur bildats på hans kontor – samtidigt som strikta restriktioner gällde för resten av befolkningen.
Christopher Geidt har stannat på jobbet under hela den turbulenta så kallade "partygate"-perioden men avgick sent på onsdagen. Johnsons kansli säger att beslutet kom oväntat.
När han frågades ut av parlamentsledamöter tidigare i veckan sade Christopher Geidt att han känt sig "frustrerad" på jobbet, och att han, eftersom han utsetts av premiärministern, inte var helt oberoende.
Geidts företrädare som etikrådgivare, Alex Allan, avgick i november 2020 efter att premiärministern ignorerat uppgifter om mobbning bland personalen.