I februari testade drottningen positivt för covid-19 och beskrevs då av hovet ha milda symptom. Sedan dess har hon friskförklarats men bara utfört "lättare sysslor" i jobbet på Windsor Castle.
Först två timmar innan tisdagens ceremoni började, gav hovet besked om att den 95-åriga drottningen deltar.
Hon anlände till kyrkan och minnesstunden ledsagad av sonen prins Andrew.
Prins Philip avled i fjol, kort före sin 100-årsdag. På grund av coronapandemin hölls då bara en mindre begravningsceremoni med 30 personer närvarande. Synen av drottningen, som på grund av restriktionerna satt ensam i sin bänk, har för många britter blivit en bestående bild av pandemin.
Omkring 1 800 gäster och familjemedlemmar har bjudits in till ceremonin. Psalmer och andra inslag som tidigare planerats till prinsens begravning ingår i programmet. Bland gästerna finns prins Albert av Monaco, Danmarks drottning Margrethe samt de spanska och norska kungaparen.
Även det svenska kungaparet deltar.