I första skedet gäller det 230 marockaner, främst serviceanställda. Ytterligare upp till 40 personer per dag tillåts korsa gränserna för att ansöka om visum.
Innan gränserna stängde passerade omkring 4 400 marockaner där regelbundet.
Exklaverna har EU:s enda landgränser mot Afrika. Under 2020 stängdes gränserna på grund av pandemin. Senare uppstod en diplomatisk kris mellan länderna, bland annat på grund av att tusentals migranter tog sig över gränsen till Ceuta.
Relationerna mellan Madrid och Rabat var sedan tidigare ansträngda sedan det framkommit att självständighetsrörelsen Polisarios ledare Brahim Ghali vårdats för covid-19 på ett spanskt sjukhus. Polisario kämpar för att Västsahara ska bli självständigt från Marocko.