En av höjdpunkterna var loppet i högklackade skor som hölls i stadsdelen Chueca.
Flera ministrar deltog i firandet, som livesändes av TVE för första gången.
Den nationella hbtqi-federationen fördömde i ett uttalande före paraden en "växande hatretorik mot gruppen, och betonade vikten av att göra denna synlig.