Polis slog på onsdagsmorgonen till mot flera adresser i sju delstater, uppger en talesperson för inrikesdepartementet på Twitter.
"De som stödjer terror kommer inte att gå säkra i Tyskland" står det i inlägget.
Tyskland har tidigare gjort skillnad på Hizbollahs politiska och militära gren, men beslutade förra året att terrorklassa och förbjuda hela den libanesiska rörelsen.
De tre organisationer som nu har förbjudits är Deutsche Libanesische Familie, Menschen für Menschen och Gib Frieden. De anklagas för att samla ihop pengar till stöd för "martyrfamiljer" i Libanon, vilket i slutändan kan främja attacker mot Israel.