"Ännu en stor framgång för vår kamp mot terroristgrupper i Sahel", skriver han.
Enligt försvarsminister Florence Parly var det soldater från franskledda Opération Barkhane som låg bakom insatsen mot al-Sahrawi.
"Ett avgörande slag mot denna terroristgrupp. Vår kamp fortsätter", twittrar hon.
Den dödade ledarens grupp, känd under det engelska namnet ISGS (Islamic State in the Greater Sahara), ligger bakom många av de dödliga attacker som de senaste åren plågat Burkina Faso, Mali och Niger, delar av den region som kallas Sahel. Han har enligt Frankrike bland annat personligen beordrat dödandet av sex franska biståndsarbetare i Niger.
al-Sahrawi var också efterlyst av USA, som misstänker honom för en dödlig attack mot amerikanska soldater i Niger 2017. USA har erbjudit motsvarade över 40 miljoner kronor för information om honom.
Abu Adnan al-Sahrawi ska tidigare har varit medlem i självständighetsrörelsen Polisario i Västsahara samt terrornätverket al-Qaidas nordafrikanska gren Aqim. 2015 bildade han ISGS.
Opération Barkhane har sedan 2013 bekämpat extremislamister i Sahel, men Macron meddelade tidigare i år att den ska avslutas och att Frankrike i stället ska delta i en internationell terrorinsats i regionen. Specialförbandsstyrkan Takuba i Mali, som innehåller specialförband från bland annat Sverige, är en del av Opération Barkhane.