Gershkovich bevakar Ryssland för den amerikanska tidningen Wall Street Journal. Han greps i onsdags av den ryska säkerhetstjänsten FSB och anklagas för spioneri.
USA "uttryckter djup oro över Rysslands oacceptabla frihetsberövande", skrev amerikanska utrikesdepartementet och krävde att Gershkovich omedelbart släpps fri.
Lavrov svarade enligt hans talesperson att "en domstol kommer att avgöra hans framtida öde". Dessutom tyckte Lavrov att USA skulle "sansa sig" i kommentarerna om fallet, rapporterar nyhetsbyrån AFP.
Samtal mellan de två utrikesministrarna är högst ovanliga sedan Ryssland inledde angreppskriget mot Ukraina.
Enligt amerikanska UD talade de två om vikten av att diplomater kan utföra sina arbete. Blinken framförde också krav på att den amerikanske medborgaren Paul Whelan, som frihetsberövats i Ryssland, friges.