Förra veckan meddelade Litauen att man förbjuder att gods som är föremål för EU:s sanktioner mot Ryssland förs genom Litauen via transitjärnväg till ryska Kaliningrad.
Rysslands försvarsdepartement kallar restriktionerna för "öppet fientliga".
"Om inte godstrafiken mellan Kaliningradregionen och resten av Rysslands territorium inom en snar framtid är återställd till fullo, förbehåller sig Ryssland rätten att agera för att skydda landets nationella intressen", hotar departementet i ett uttalande.
Litauens utrikesminister Gabrielius Landsbergis säger att förbudet är i linje med EU:s sanktioner.
– Det är inte Litauen som gör någonting – det här är europeiska sanktioner som började verka den 17 juni, säger han.
Utrikesministern säger att kunder informerats om stoppet, som för närvarande rör järnvägstransport av stålprodukter och annat gods tillverkat av järnmalm.
– Det är gjort i samråd med EU-kommissionen och enligt EU-kommissionens riktlinjer, säger Landsbergis.
Exklaven Kaliningrad ligger mellan Polen och Litauen vid Östersjön. Gods som påverkas av förbudet är bland annat kol, metaller, byggmaterial och avancerad teknik. Enligt Kaliningrads guvernör Anton Alichanov väntas förbudet påverka runt 50 procent av all import till exklaven.