De två soldaterna, en 33-årig kvinna och en 24-årig man, tillhörde en styrka som är specialiserad på underrättelsearbete.
Ytterligare en soldat skadades i dådet. Skadorna ska inte vara livshotande.
Frankrikes president Emmanuel Macron gick efter attacken ut med att Frankrike kommer att fortsätta kampen mot terrorism.
För mindre än en vecka sedan dödades tre franska soldater i ett liknande dåd i landet. Ett dåd som den al-Qaida-kopplade extremistgruppen Nusrat al-Islam wal Muslimin tagit på sig.
50 franska soldater har dödats i Mali sedan Frankrike satte in sina styrkor 2013 för att driva bort jihadister som tagit över delar av det västafrikanska landet.
Totalt befinner sig 5 100 franska soldater i Sahelregionen tillsammans med soldater från flera västafrikanska länder under militäroperationen Barkhane.