Gruppen om cirka 4 000 personer lämnade Honduras i fredags. De hindrades av myndigheterna när de nådde staden Vado Hondo i sydöstra Guatemala dagen därpå.
Många av dem har sedan dess blockerat en genomfartsväg i väntan på att släppas fram.
Polisinsatsen, som syftade till att driva tillbaka migranterna mot gränsen, ledde till sammandrabbningar, där stenkastning möttes med tårgasgranater.
Migranterna har ytterligare hundratals mil att vandra, genom Mexiko och vidare till USA, där de hoppas att de hårda immigrationsregler som gällt under president Donald Trumps tid på posten ska ändras under tillträdande presidenten Joe Bidens mandatperiod.