Den 73-årige veteranen Guelleh, som styrt landet sedan 1999, får enligt preliminära resultat 98 procent av väljarstödet ‒ motsvarande drygt 167 000 röster.
Den typen av resultat förknippas normalt med auktoritära skendemokratier, men Afrikanska unionens valobservatörer har gett processen grönt ljus.
Guelleh har fått över 75 procent i samtliga val sedan han kom till makten. Denna gång förbättrades siffrorna sannolikt ytterligare av att landets politiska opposition bojkottade valet.
Presidentens femte mandatperiod blir dock den sista, enligt en grundlagsreform han själv undertecknade 2010. Då avskaffades begränsningar om antal tillåtna mandatperioder, men samtidigt infördes en regel om att 75 år blir högsta tillåtna ålder för kandidater i allmänna val.
Djibouti har strax under en miljon invånare men ligger strategiskt vid flera viktiga handelsleder. Såväl USA som Frankrike och Kina har militärbaser i landet.