Beskedet kommer en dag efter att vice hälsoministern Janusz Cieszynski aviserat sin avgång.
De dubbla ministeravhoppen kommer efter en tid av tilltagande kritik mot det nationalkonservativa regeringspartiet Lag och rättvisas hantering av coronapandemin, med fortsatt höga smittotal.
Szumowski medger att siffrorna är besvärande men säger samtidigt att regeringens agerande har "räddat tiotusentals från att dö av coronaviruset".
Den avgående ministern har också pressats av uppgifter om oegentligheter i statliga upphandlingar. Enligt polska medier köpte hälsodepartementet bland annat 100 000 ansiktsmasker av en familjevän till Szumowski.
Polen hade på tisdagen rapporterat knappt 58 000 bekräftade fall av smitta inklusive närmare 1 900 avlidna, enligt amerikanska Johns Hopkins-universitetets sammanställning.