Både Perdue och hans fru har testat negativt, enligt staben, som inte uppger hur länge han ska vara isolerad, enligt CNBC.
Karantänen kommer vid en olycklig tidpunkt för honom, bara dagar innan det viktiga senatsvalet i hemdelstaten Georgia.
Perdue och republikanen Kelly Loeffler utmanas av demokraterna Jon Ossoff och Raphael Warnock.
Skulle båda demokraterna vinna innebär det att det är helt jämnt mellan partierna i senaten, vilket innebär att tillträdande vicepresidenten Kamala Harris har utslagsröst. Det skulle i så fall innebära att tillträdande presidenten Joe Biden lär få betydligt enklare att få igenom sin politik.