Det uppger en irländsk regeringskälla för nyhetsbyrån Reuters.
Klar favorit är McGuinness, som suttit i EU-parlamentet för konservativa Fine Gael sedan 2004 – de senaste två åren dessutom som förste vicetalman.
McDonnell är i sin tur tidigare ekonomisk rådgivare till förre premiärministern Enda Kenny och har varit vice ordförande i Europeiska investeringsbanken från 2016 till i år.
Vem som blir vald och vilken roll den får i kommissionen väntas avgöras av kommissionsordförande Ursula von der Leyen under nästa vecka.
Hogan, som var handelsansvarig i kommissionen, avgick efter att ha blivit hårt kritiserad för att ha deltagit i en stor fest på en golfklubb på Irland, trots rådande coronarestriktioner.