Han misstänks för bland annat bedrägeri, korruption och penningtvätt, skriver AFP.
Schembri, som sade att han var oskyldig när han framträdde i domstolen i Valletta, nekades borgen, skriver Times of Malta.
Ytterligare tio personer ställdes inför rätta på lördagen misstänkta för att vara inblandade i härvan.
Schembris affärer granskades av bland andra journalisten Daphne Caruana Galizia, som undersökte möjliga fall av korruption inom regeringen. Hon mördades 2017.
Keith Schembri slutade som stabschef i november 2019 och i januari 2020 avgick Joseph Muscat som premiärminister.
I februari i år dömdes en man till 15 års fängelse för mordet på Daphne Caruana Galizia. Ytterligare två misstänkta personer sitter fortsatt fängslade.