Kyrkan byggdes 1998, tre år efter kriget i Bosnien, på beslagtagen mark tillhörande en muslimsk familj som hade tvingats på flykt.
Materialet som blir kvar från kyrkan kommer sedan att transporteras till orten Bratunac för att användas i bygget av en ny kyrkobyggnad.
– Äntligen har vi fått rättvisa. Det här är den vackraste dagen i mitt liv, det är underbart, säger markens ägare Fata Orlovic, 78, som förlorade sin man under massakern i Srebrenica.
Polis var på plats för att se till att den av Europadomstolen beslutade rivningen genomfördes utan problem.
– Låt dem bygga upp den där de bor. Jag har inget emot det. Vi har alla samma blod, säger Fata Orlovic.