Uttalandet kommer efter torsdagseftermiddagens webbmöte med EU:s östliga partnerskap, där Vitryssland ingår. Att oppositionspolitikern Ivan Babaryko gripits, knappt två månader före det vitryska presidentvalet, gillas inte i Bryssel.
– Alla godtyckligt gripna politiska aktivister i Vitryssland måste släppas omedelbart. Vitryska myndigheter måste se till att det blir en meningsfull politisk kamp i presidentvalet i augusti, säger von der Leyen på presskonferensen efter mötet.
Vitryssland representerades vid mötet av nye premiärministern Roman Golovtjenko, snarare än mångårige presidenten Aleksandr Lukasjenko.
EU:s östliga partnerskap har funnits i drygt tio år, som ett sätt att hålla regelbunden kontakt med de sex forna sovjetrepublikerna Armenien, Azerbajdzjan, Georgien, Moldavien, Ukraina och Vitryssland.
Ekonomiskt är EU i dag viktigaste handelspartner till fyra av dem och näst viktigast till två.
– Det östliga partnerskapet är en utrikespolitisk prioritet för EU och kommer att fortsätta att vara det, lovar EU:s permanente rådsordförande Charles Michel efter mötet.
På grund av coronakrisen blev det "bara" ett webbmöte för ledarna. Målet är dock att samla alla till ett toppmöte "på riktigt" i Bryssel i mars nästa år.