Bakgrunden är enligt myndigheterna kanalens kopplingar till Dmitrij Kiselev som leder den statliga nyhetsbyrån Rossija Sevodnja och som återfinns på EU:s sanktionslista. Enligt EU ledde Kiselev en medial propagandakampanj i anslutning till den ryska annekteringen av ukrainska Krim 2014.
Så sent som förra veckan fattade Lettland samma beslut med samma motivering.
En talesperson på Rysslands ambassad i Vilnius förnekar att Kiselev kontrollerar Kremlfinansierade RT.
– Det här fientliga beslutet av Litauens regering är ännu ett angrepp mot avvikande åsikter och pressfrihet, säger talespersonen.