Kommissionen godkände i onsdags Polens återhämtningsplan till följd av coronapandemin. Landet får drygt 35,4 miljarder euro ur unionens gemensamma covidstöd.
I Polens plan finns krav på omfattande reformer som rör rättsväsendet och domstolarnas oberoende.
Ursula von der Leyen kallar godkännandet ett "första steg".
– Pengarna kommer att betalas ut när reformerna och investeringarna är på plats, säger hon på en gemensam pressträff i Warszawa tillsammans med Polens premiärminister Mateusz Morawiecki och president Andrzej Duda.
Polens del av stödet har varit omstridd på grund av rättsstatsläget i landet. Onsdagens godkännande kom efter att landets parlament nyligen beslutat att avskaffa den kritiserade disciplinnämnden vid landets högsta domstol.
– Få trodde att en kompromiss om återhämtningsplanen kunde nås mellan oss och EU, men vi lyckades, säger Morawiecki.
Lagändringar kommer bland annat låta polska domare som drabbats av disciplinnämnden kunna få beslutet prövat av en oberoende instans som inte strider mot EU-rätt.
– En första betalning är bara möjlig när den nya lagen har trätt i kraft och allt i kontraktet är uppfyllt, säger von der Leyen.