Ett av offren, en man, dog av skadorna, medan en kvinna vårdas för svåra skottskador, enligt räddningspersonal.
Dödsoffret arbetade som säkerhetsvakt på sjukhuset, som också är en plats för vaccinering.
Borgmästaren i stadsdelen säger att det inte handlar om ett terrordåd, utan tros ha kopplingar till gängkriminalitet, rapporterar Reuters.
Skjutningen inträffade vid det Röda Korset-ägda sjukhuset Henry Dunant i den franska huvudstadens sextonde arrondissement.
Angriparna flydde på motorcykel, enligt en poliskälla.