Skalvet uppmättes till 6,1 och inträffade omkring 51 kilometer utanför landets kust.
Inga skador har rapporterats men enligt en varning kan skalvet "generera en tsunami som påverkar Indiska oceanen".
Östtimor har en befolkning på 1,3 miljoner och är Sydostasiens yngsta land som nyligen firade 20 år av självständighet från Indonesien.
Landet har drabbats hårt ekonomiskt av pandemin och Världsbanken säger att 42 procent av befolkningen lever under fattigdomsgränsen.