Hundratals har tvingats fly när deras hus översvämmats av regnmassorna.
På ön Lapu-Lapu slog enorma vågor in över en kustby sent på fredagen och lämnade närmare 300 människor hemlösa när deras hus förstördes, enligt ett uttalande från borgmästare Junard Chan på Facebook.
Även på ön Mindanao har skyfallen orsakat massevakueringar när 13 byar hamnat under vatten.
Filippinerna drabbas årligen av tjugotalet brutala stormar och tyfoner, som ofta slår hårt mot byggnader, skördar och infrastruktur i de fattigaste områdena. De senaste månaderna har tyfoner skördat närmare 150 liv i landet.