Flera befaras enligt japanska Kyodo News ha omkommit i samband med de kraftiga regnen. Enligt en lokal guvernör har 14 personer hittats livlösa på ett äldreboende efter att en närliggande flod svämmat över och fyllt boendet med vatten.
Lokala medier rapporterar att vattenmassorna har sköljt bort flera broar och skurit av närmare 100 personer från omvärlden. Flera personer saknas, däribland tre personer vars hus begravts i ett skred.
Ovädret på ön Kyushu, den sydligaste av Japans fyra stora öar, har orsakat jordskred och kraftiga översvämningar. Värst drabbade är städerna Kumamoto och Kagoshima med vardera över en halv miljon invånare.
– Vi uppmanar bestämt människor att agera för att skydda sina liv då det fortfarande regnar tämligen kraftigt, säger Toshiaki Mizukami, ämbetsman i Kumamoto prefektur, till AFP.
Enligt Kyodo News har premiärminister Shinzo Abe kallat in runt 10 000 soldater för att hjälpa till i det omfattande räddningsarbetet.
Japans regnperiod, kallad "tsuyu", börjar vanligen i juni och varar juli månad ut.