Räddningsarbetare och soldater har sökt outtröttligt efter saknade personer och försökt att rädda dem som inte kan ta sig från sina hem på grund av vattenmassorna. Många samhällen har skurits av från omvärlden efter att broar och vägar förstörts.
En kvinna och en man, båda i 80-årsåldern, omkom när de sveptes med i två skilda jordskred i två olika städer i prefekturen Kumamoto på ön Kyushu, rapporterar japanska medier.
14 personer hittades på ett äldreboende efter att en närliggande flod svämmat över och fyllt boendet med vatten. Hur många av dem som bekräftats omkomna är ännu oklart, då de lokala myndigheterna själva har drabbats av ovädrets katastrofala följder och förhindrats i sitt arbete.
Uppemot 200 000 människor har uppmanats att evakuera sina hem i sydvästra Japan på grund av de kraftiga skyfallen. Myndigheterna försöker nu hindra coronaviruset från att spridas på de evakueringscenter som har satts upp för att erbjuda människor skydd.
Premiärminister Shinzo Abe varnade på söndagen Kyushus invånare för att skyfallen kan komma att fortsätta under måndagen.