Vid ett möte med den styrande politbyrån manar han till klimatåtgärder som skogsplantering, underhåll av flodvallar och byggen av avvattningskanaler.
"Kim underströk behovet av grundliga åtgärder för att hantera farorna med det avvikande klimatet, som blivit större de senaste åren", skriver den statliga nyhetsbyrån KCNA.
För några veckor sedan skickade Kim soldater till översvämningsdrabbade områden i öst, varifrån tusentals människor evakuerades. Skadorna befaras påverka årets skördar och mattillgången i det slutna landet.
I juli varnade FN:s livsmedelsprogram FAO för att svår matbrist hotar Nordkorea.