– För tillfället är 26 döda och 13 skadade, varav 4 allvarligt, säger borgmästaren Chaibou Aboubacar.
Han säger att barnen var i fem–sexårsåldern.
Klassrummen var byggda av halm och trä, något som inte är ovanligt i Niger, som är ett av världens fattigaste länder.
I april i år omkom 20 skolbarn vid en brand i en skola i huvudstaden Niamey.
Issoufou Arzika, generalsekreterare för lärarfacket, säger att förbundet varnat för faran med sådana klassrum efter branden i Niamey.
– Det är bättre att ha lektionerna under träd i stället för i halmhyddor, som har blivit lättantändliga dödsfällor för elever, säger han.