Polisens tillslag skedde på fredagen, samma dag som tidningen tvingades ställa in sin pappersupplaga.
La Prensa är den sista oberoende tidningen med nationell spridning, och har varit en nagel i ögat på president Daniel Ortega. Bland annat beskriver tidningen honom återkommande som en diktator sedan säkerhetsstyrkor våldsamt slog till mot demonstrationer i landet 2018, då fler än 300 personer dödades.
I ett uttalande uppger polisen att man utreder tidningen för tullbrott och pengatvätt. La Prensa ägs av den framstående Chamorrofamiljen, där flera medlemmar försökte att kandidera i presidentvalet i november, men som de senaste månaderna har gripits.
Under torsdagen meddelade den 95 år gamla tidningen att man endast finns på nätet från och med fredagen, sedan Nicaraguas tullmyndighet vägrat att släppa igenom papper till tidningen.
Sedan den 75-årige presidenten Daniel Ortega, som anklagas för ett alltmer auktoritärt styre, kom till makten 2007 har minst 20 självständiga medieföretag försvunnit.