Bland dem som nu fråntas medborgarskap finns flera tidigare allierade till president Daniel Ortega, bland andra författaren och tidigare vicepresidenten Sergio Ramírez, biskopen Silvio Báez och den tidigare ministern Luis Carrion.
Domaren Ernesto Rodríguez menar att de 94 bidrog till ekonomiskt sabotage av Ortegas regering då de har uppmanat till bojkott .
– De anklagade har genomfört och fortsätter att utföra kriminella handlingar som skadar det nicaraguanska folkets fred, suveränitet, oberoende och självbestämmande, säger Rodríguez.
– På grund av detta kan de anklagade inte längre betraktas som nicaraguanska medborgare.
Sedan storskaliga gatuprotester bröt ut 2018 har Ortega anställt tungt beväpnade paramilitära grupper för att krossa oppositionen och fängsla alla ledande oppositionella personer.
Ortegaregeringen utvisade 222 fängslade dissidenter förra veckan, och drog tillbaka deras medborgarskap efter att ha satt dem på ett flyg till Washington.