Det innebär att nästan hela regionens befolkning har flytt, skriver BBC.
Många av flyktingarna som kommit till Armenien är också i dåligt skick, enligt FN:s flyktingkommissariat UNHCR.
"Människorna är hungriga, utmattade och behöver omedelbar hjälp", skriver man i ett uttalande, skriver BBC.
FN meddelade under fredagskvällen att man skickar en delegation till Nagorno-Karabach för första gången på nära 30 år.
Delegationen, som består av ett tiotal personer under ledning av FN-organet Ocha, ska bedöma behoven för de människor som är kvar i området och de som lämnar regionen.
Nagorno-Karabach ligger formellt inom Azerbajdzjans gränser, men har i praktiken varit en utbrytarregion med nära band till Armenien.