Ögonvittnen uppger för nyhetsbyrån AFP att en större eldstrid brutit ut mellan militären och den militanta grupp vars medlemmar de tros ha slagit till mot.
Utöver dödsfallen skadades ytterligare 26 personer, enligt palestinska hälsomyndigheter. Det finns inga rapporter om israeliska dödsfall.
Den israeliska militären säger att dess styrkor under tisdagen gick in i området och att de dödat den man de misstänker för dödsskjutningen av två israeliska bosättare i Hawara på ockuperade Västbanken förra veckan.
Premiärminister Benjamin Netanyahu hyllar i ett uttalande militären för att de dödat den misstänkte attentatsmannen och han önskade de soldater som skadats snabbt tillfrisknande.
– Som jag har sagt gång på gång: Alla som skadar oss får betala ett högt pris, säger han i ett uttalande.
Dödsskjutningen i Hawara förra söndagen ledde till attacker mot palestinska mål, och ett 30-tal bostäder och fordon sattes i brand.
Militären gör ofta räder i området i vad den brukar beskriva som tillslag mot militanta grupper. Tisdagens tillslag kommer efter den senaste tidens oro främst på Västbanken. Dödssiffran under februari var den högsta sedan protesterna 2005 i det som kallades den andra intifadan.
Hittills i år har över 60 palestinier dödats av israeliska styrkor, enligt AP:s sammanräkning. I fjol dödades nästan 150 palestinier i området, under det dödligaste året sedan 2004 enligt uppgifter från den israeliska människorättsgruppen B'Tselem.