Beslutet från Malis kuppledare kom efter det att chefen för FN-uppdraget Minusmas avdelning för mänskliga rättigheter, Guillaume Ngefa Atonodok Andali, hållit ett kritiskt tal inför en FN-grupp.
FN-representanten förklaras vara persona non grata och får 48 timmar på sig att lämna landet.
FN:s människorättschef Volker Türk beklagar beslutet, och säger i ett uttalande att han också är bekymrad att FN-representanten förföljts lokalt på sociala medier.
Guillaume Ngefa Atonodok Andali ifrågasatte bland annat närvaron av ryska representanter för den paramilitära Wagnergruppen i Mali och sade att samarbetet utgör hot mot mänskliga rättigheter i landet.
Samtidigt som beskedet om utvisning kom från militärjuntan så väntades Rysslands utrikesminister Sergej Lavrov till Malis huvudstad Bamako sent på måndagen för möte med landets regim.