Bland de döda finns ett äldre par som drunknade och en man vars bil sveptes i väg av vattenmassorna.
Enligt miljöorganisationen Malaysian Nature Society är översvämningarna de värsta att drabba delstaten Johor, beläget strax norr om Singapore, sedan 1969.
– Nu är vädret oförutsägbart. Klimatförändringarna har överlistat meteorologerna, säger organisationens vd Vincent Chow.
Jordens Vänners Malaysiagren uppger att översvämningarna beror på avskogning och den allt större bristen på grönområden i landet.
I flera städer har soldater i gummibåtar skickats ut för att undsätta invånare strandsatta på hustak. Bostäder, bilar, vägar och hela byar står enligt lokala medier under vatten.
Räddningsinsatserna har försvårats av fortsatta skyfall.