Landets militär ansvarar nu för sökandet och helikoptrar har satts in för att hitta de misstänkta.
"Gärningsmännen måste hittas och straffas enligt lag" säger president Andry Rajoelina i ett uttalande på sociala medier och beskriver händelsen som en "massaker".
Massmordet ägde rum i en by i orten Ankazobe norr om huvudstaden Antananarivo. De misstänkta gärningsmännen, omkring tolv boskapstjuvar, tvingade in byborna i tre byggnader som sedan sattes i brand. Över 30 människor dödades och tre skadades enligt polisen.
"Armén kommer göra allt i dess makt för att så snart som möjligt gripa gärningsmännen som utförde massakern", säger försvarsminister Richard Rakotonirina till lokala medier på lördagen.