Beskedet gav Osama Hamad – som leder den regering som styr det nordafrikanska landets östliga del – i en telefonintervju med tv-stationen al-Masar. Han berättade då att översvämningarna har svept bort hela stadsdelar och det drabbade området har förklarats vara en katastrofzon.
Mest drabbat är hamnstaden Darnah i regionen Jabal al-Akhdar och al-Marjs förorter.
Videoklipp från boende i området visar katastrofområden med byggnader som rasat samman, jordskred och hela kvarter som ligger under vatten.
Stormen nådde östra Libyen i söndags.
Experter beskriver stormen som "extrem med tanke på de vattenmängder som fallit det senaste dygnet".
Räddningspersonal är på plats i Darnah.